EMMI ist eine von vier bewilligten Allianzen, die unter mehr als 30 Anträgen ausgewählt wurden. Sie verbindet zwölf Partnerinstitutionen, die zusammen weitere 54 Millionen Euro für die Allianz aufbringen. Die Partner sind neben der GSI, die TU Darmstadt, die Universitäten Frankfurt, Heidelberg und Münster, das Max-Planck-Institut für Kernphysik in Heidelberg, das FIAS Frankfurt, das Forschungszentrum Jülich, die Universität Paris VI (Frankreich), die Universität Tokio/RIKEN (Japan), das Lawrence Berkeley National Laboratory (USA) und das Joint Institute for Nuclear Astrophysics (USA). Als assoziierte Partner wurden weltweit führende Wissenschaftler gewonnen, darunter die Physik-Nobelpreisträger Frank Wilczek (2004) und Wolfgang Ketterle (2001). Sprecher der Allianz sind die GSI-Wissenschaftler Professor Peter Braun-Munzinger und Professor Karlheinz Langanke.